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計算乙醇在[BMIM][NTf2]中的溶解自由能

2019-03-09 20:04:06 adman 281

[BMIM][NTf2]的結構如下
 Monils - 默尼離子液體

乙醇在[BMIM][NTf2]中的常溫下的溶解自由能實驗值為-3.76 kcal/mol(來自那篇JPCB文章補充材料Table S1.6,對應氣相和溶劑下都是1M標準態濃度)。我們看看利用SMD-GIL的參數算出來的結果是多少。如《談談隱式溶劑模型下溶解自由能和體系自由能的計算》所述,我們先對結構優化,然后用M052X/6-31G*在溶劑模型下和氣相下分別算個單點,求差就是常溫下的溶解自由能(對應氣相和溶劑下都是1M標準態濃度)。

SMD幾乎是目前最流行的隱式溶劑模型,因此很多主流程序都已經支持SMD,比如Gaussian、NWChem、ORCA、GAMESS-US等(而非主流的Dmol3和ADF之流尚不支持)。這里我們用量化計算最常用的Gaussian作為例子,結構已經在B3LYP/TZVP下優化過(用什么級別優化無所謂,只要是合理級別即可,對溶解自由能計算結果影響很小)。

單點任務的輸入文件如下:

# M052X/6-31G*

B3LYP/TZVP opted

0 1
 C                  1.17643900   -0.39950500    0.00000000
 H                  1.15236000   -1.03828400    0.88463100
 H                  2.11738900    0.15557800    0.00000000
 H                  1.15236000   -1.03828400   -0.88463100
 C                  0.00000000    0.55417200    0.00000000
 H                  0.04041900    1.20079700   -0.88644000
 H                  0.04041900    1.20079700    0.88644000
 O                 -1.20073500   -0.22291400    0.00000000
 H                 -1.95570500    0.37470800    0.00000000

溶劑模型下的單點任務的輸入文件如下。這里我們自己完全自定義了一個新溶劑,除了芳香度和鹵素度以外的溶劑參數就是上面提到的SMD-GIL的平均離子液體溶劑參數。

# M052X/6-31G* SCRF(SMD,read,solvent=generic)

B3LYP/TZVP opted

0 1
 C                  1.17643900   -0.39950500    0.00000000
 H                  1.15236000   -1.03828400    0.88463100
 H                  2.11738900    0.15557800    0.00000000
 H                  1.15236000   -1.03828400   -0.88463100
 C                  0.00000000    0.55417200    0.00000000
 H                  0.04041900    1.20079700   -0.88644000
 H                  0.04041900    1.20079700    0.88644000
 O                 -1.20073500   -0.22291400    0.00000000
 H                 -1.95570500    0.37470800    0.00000000

eps=11.5
epsinf=2.0449
HBondAcidity=0.229
HBondBasicity=0.265
SurfaceTensionAtInterface=61.24
CarbonAromaticity=0.12
ElectronegativeHalogenicity=0.24


上面文件中設的CarbonAromaticity就是芳香度,ElectronegativeHalogenicity是鹵素度。[BMIM][NTf2]的化學組成為C10H15F6N3O4S2,重原子數(非氫原子數)為25,此體系中咪唑環上的碳屬于芳香碳,數目為3,因此芳香度為3/25=0.12。體系中鹵素有6個,因此6/25=0.24就是鹵素度。

對兩個文件用Gaussian16 A.03版進行計算,氣相單點能為-154.9998251,溶劑下單點能為-155.0061949,因此溶解自由能為627.51*(-155.0061949+154.9998251)=-3.997 kcal/mol,和實驗值-3.76 kcal/mol相符不錯。

默尼化工科技(上海)有限公司

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